An integrated transcriptomic and meta-analysis of hepatoma cells reveals factors that influence susceptibility to HCV infection.

O vírus da hepatite C (HCV) é um problema global. Para entender melhor os investigadores de infecção pelo HCV HCV in vitro empregam-cultura de células (HCVcc) sistemas que utilizam células Huh-7 hepatoma derivadas que são particularmente permissiva à infecção pelo HCV. Uma variedade de células hiper-permissiva foram subclonadas para esta finalidade. Além disso, subclones de Huh-7, que desenvolveram resistência ao HCV estão disponíveis. No entanto, os mecanismos de suscetibilidade ou resistência à infecção entre estas células não foram totalmente determinada. A fim de elucidar os mecanismos pelos quais as células de hepatoma são susceptíveis ou resistentes à infecção pelo HCV foi realizada expressão de todo o genoma análises de seis Huh-7 culturas de células derivadas que possuem diferentes níveis de permissividade para a infecção. Um grande número de genes, representando um largo espectro de funções são diferencialmente expressos entre as células. Para focar nossa investigação, identificar proteínas do hospedeiro a partir de complexos replicase HCV, realizar análises de três células infectadas com HCV expressão gênica e realizar uma análise detalhada dos fatores do hospedeiro diferencialmente expressos por meio da integração de uma variedade de fontes de dados. Os nossos resultados demonstram que as alterações relacionadas com a susceptibilidade à infecção por HCV em células de hepatoma estão ligados à resposta imune inata, péptidos de sinal segregadas e factores do hospedeiro que tem um papel na entrada e a replicação do vírus. Este trabalho identifica dois fatores do hospedeiro conhecidos e novos que podem influenciar a infecção pelo HCV. Nossas descobertas construir sobre o conhecimento atual da complexa interação entre HCV e a célula hospedeira, o que pode ajudar no desenvolvimento de novas estratégias antivirais.