Quantitative Trait Locus (QTL) meta-analysis and comparative genomics for candidate gene prediction in perennial ryegrass (Lolium perenne L.).

BACKGROUND: In specie coltivate, l'analisi QTL è comunemente usato per l'identificazione dei fattori che contribuiscono alla variazione dei tratti agronomicamente importanti. Come un importante specie pascoli, un gran numero di QTL sono stati segnalati per loglio perenne sulla base di un'analisi delle popolazioni di mappatura biparentali. Ulteriore caratterizzazione di questi QTL è tuttavia indispensabile per l'utilizzo in programmi di miglioramento varietale. RISULTATI: Un sondaggio bibliografica di loglio perenne studies trait-dissezione identificato un totale di 560 QTL dalle carte precedentemente pubblicati, di cui 189, 270 e 101 sono stati classificati come morphology-, physiology- e resistenza / tolleranza loci legati rispettivamente. Il set di dati raccolti permesso uno studio meta-QTL successiva e l'attuazione di un approccio identificazione di geni candidati cross-specie. È stata effettuata un'analisi meta-QTL in base all'utilizzo del software BioMercator di individuare due regioni di consenso per i tratti di resistenza patogeno. I geni che sono candidati per il polimorfismo causale alla base QTL loglio perenne sono stati identificati attraverso la mappatura comparativa silico utilizzando database di riso, e 7 geni sono stati assegnati per la mappa di riferimento P150 / 112. Marcatori legate ai geni LpDGL1, LpPh1 e LpPIPK1 erano situati vicino alla dimensione dell'impianto, foglia tempo di estensione e voce QTL relativi alla data, rispettivamente, suggerendo che questi geni potrebbero essere funzionalmente associati ad importanti caratteri agronomici in loglio perenne. CONCLUSIONI: marcatori funzionali sono preziosi per QTL meta-analisi e genomica comparativa. Arricchimento di tali marcatori genetici può consentire la caratterizzazione più dettagliata dei QTL. I risultati di QTL meta-analisi e genomica comparativa studi possono essere utili per lo sviluppo accelerato di nuovi cultivar loglio perenne con tratti desiderabili.